Comme tous les muséums d’histoire naturelle, le Muséum de Besançon possède d’importantes collections naturalisées régulièrement enrichies, notamment par des dépôts provenant de l’Université de Franche-Comté.
Mais l’originalité du Muséum de Besançon est aussi de présenter des collections vivantes de zoologie et plus modestement de botanique très variées dans un même lieu… La Citadelle, en réunissant des animaux d’espèces très différentes, depuis les plus petits (insectes, etc.) jusqu’aux plus gros (tigres, etc.).