Le musée occupe l’aile sud du premier bâtiment de l’Institut Pasteur, qui fut inauguré le 14 novembre 1888. Fondé en 1936, ce musée conserve le souvenir de la vie et de l’œuvre de Louis Pasteur dans le vaste appartement qu’il occupa les sept dernières années de sa vie de 1888 à 1895. Ce musée comprend également la salle des souvenirs scientifiques illustrant les travaux du savant ainsi que la chapelle funéraire de style byzantin où fut inhumé Louis Pasteur.