Après le bucher de 1244, le château de Montségur fut cédé au nouveau seigneur ; Guy III de Lévis-Mirepoix. C’est probablement lui qui fit reconstruire une nouvelle forteresse (celle que nous voyons de nos jours) sur les ruines du castrum cathare.
Ce nouveau château se compose d’un donjon rectangulaire accolé à une enceinte dont le plan suit le relief naturel du sommet de la montagne.
A l’origine, cette enceinte protégeait des corps de bâtiments charpentés. C’est ici que vivaient les hommes d’armes et où l’on trouvait les fonctions indispensables de vie d’un château-fort (forge, écuries, greniers…).
Dans la tour, résidait alors, au premier étage, le capitaine de la place. Au dessous, se place la cave suivie de la citerne. Il manque probablement un étage à la tour qui était recouverte d’une toiture. Mais ce qui marque ici, tient à la très grande qualité des pierres taillées mises en oeuvre dans les maçonneries.
Témoignage de tailleurs de pierres expérimentés, on pense que ces compagnons bâtisseurs provenaient certainement d’Ile de France et qu’ils sont venus avec leurs familles à la demande des Lévis-Mirepoix, eux-mêmes originaires de cette région.