La Fondation est animée et gérée par son secrétariat, installé dans un hôtel particulier acquis en 1962 par Jean Dubuffet pour y présenter sa collection d’art brut avant que celle-ci ne soit installée à Lausanne en 1975. Lieu d’expositions temporaires, il est également un Centre d’histoire et d’études dont l’objectif est la conservation et l’exploitation des archives à partir desquelles se développent toutes les activités de la fondation.