Le Musée présente aujourd’hui une remarquable collection retraçant, sur deux niveaux, l’histoire de la vallée depuis les origines, ses coutumes, ses activités et son folklore.
Au rez-de-chaussée, quelques animaux de nos vallées, naturalisés, sont présentés dans leur milieu naturel reconstitué.
Au premier étage, dépôt des fouilles archéologiques de la Balme de Thuy, évocation de l’Annexion de la Savoie, des guerres, dont la « guerre de Thônes », exposition des franchises de Thônes (1350), des monnaies de Savoie, d’objets de culte, d’armes, de souvenirs de l’époque sarde et des célèbres Pompiers de Thônes.
Au deuxième étage, les vitrines retracent aussi, pour les visiteurs, les diverses activités artisanales, disparues en partie aujourd’hui, comme la poterie, le filage de la laine avec différents rouets, la confection des rubans, des chapeaux, des gants, la verrerie, l’horlogerie, le travail du bois, si important dans la région, avec ses nombreux outils.
On peut également voir à cet étage, la reconstitution des pièces d’un chalet : laiterie et fabrication du Reblochon, cuisine, peille (pièce de séjour), chambre, atelier du bois, forge et remise qui montrent ce qu’était la vie locale au siècle dernier.
