Créé en 1977, le Musée de Pontarlier occupe une des plus anciennes demeures de Pontarlier (15e siècle). Le bâtiment a conservé un bel ensemble de vitraux (début 20e siècle) et des poutres ornées de motifs historiés peints (18e siècle).
Il présente sur 3 niveaux des collections liées à l’histoire de Pontarlier et à celle de l’absinthe, des collections archéologiques (de la Préhistoire au Moyen-Age), des faïences, des peintures comtoises et la bibliothèque de l’écrivain et grand voyageur Xavier Marnier. Le Musée présente régulièrement des expositions temporaires sur des sujets variés.