Les premières collections furent réunies par la Ville de Haguenau dès le milieu du 19ème siècle. Il s’agissait de collections numismatiques, archéologiques, d’arts décoratifs et d’arts et traditions populaires. Vers 1900, Xavier Nessel, maire de Haguenau depuis 1871, collectionneur d’antiquités et archéologue, propose de donner toutes ses collections à la Ville, à condition d’obtenir du Conseil Municipal la construction d’un musée qui abriterait également les archives et la bibliothèque municipale. La construction du bâtiment de style néo-Renaissance est réalisée entre 1900 et 1905. Dans le hall d’entrée on remarquera plus particulièrement le vitrail dessiné par l’artiste alsacien Léo Schnug et représentant la comparution de Richard Cœur de Lion devant l’empereur Henri VI, événement historique qui s’est déroulé à Haguenau en 1193.