L’établissement choisi pour l’implantation du Centre ne doit rien au hasard. À l’image d’autres grands musées de la Résistance, il se situe dans un lieu de mémoire.
L’Ecole du Service de Santé Militaire, dessinée à la fin du XIXe siècle par l’architecte Abraham Hirsch, accueille au printemps 1943 le siège du Sipo-SD, alors à l’étroit dans l’Hôtel Terminus qu’il avait réquisitionné dès novembre 1942.
Le jeune chef de la Gestapo lyonnaise, Klaus Barbie, prend possession des lieux une année durant. Les caves de l’édifice, en sous-sol, servent de cellules pour les détenus de la prison de Montluc soumis à l’interrogatoire.
Aménagées dans les étages, des salles de torture sont destinées à « ceux qui ne veulent pas parler».
Les bombardements aériens du 26 mai 1944 détruisent une grande partie des bâtiments, mais ne mettent pas pour autant un terme aux activités de la Gestapo qui s’installe place Bellecour jusqu’à la Libération.
Articulée en trois concepts fondamentaux – engagement, information et propagande, espace et temps – l’exposition permanente propose une découverte concrète des phénomènes marquants de la Seconde Guerre mondiale.