Saint-Malo doit son nom au moine gallois Mac Low qui, vers le VIe siècle, devint évêque d’Alet, berceau antique de la ville actuelle fondée au milieu du XIIe siècle sur un îlot rocheux voisin. Dès le XIIIe siècle, les Malouins firent des prises sur les navires ennemis. En 1308, ils eurent une commune jurée, puis de 1395 à 1415, ils se donnent au Roi de France, Charles VI, qui leur accorde des franchises portuaires. A la fin du XV siècle, Anne de Bretagne, par ses mariages successifs avec Charles VIII, puis Louis XII, annexa le Duché de Bretagne au Royaume de France.
Pour mieux garder les franchises portuaires, les Ducs de Bretagne ont fait bâtir le château que les Malouins assiègent en 1590 pour se déclarer ensuite en « République Indépendante » pendant 4 ans, jusqu’à l’abjuration du Roi Henri IV.
Déjà, de 1534 à 1542 Jacques Cartier avait doublé la route des Terres-Neuves et découvert le Canada.
Dans leur présentation actuelle, les expositions permanentes du musée allient à la découverte des collections, la possibilité de visiter les monuments historiques qui les abritent. Il est possible d’accéder aux parties hautes du grand donjon du château et de la tour Solidor et aux remarquables panoramas maritimes et urbains qui se déploient autour de ces deux sites.