Fondé à Paris par Jules Ferry en 1879, le Musée pédagogique est un élément de la politique qui se met alors en place en faveur de l’instruction populaire. Dans l’esprit de son fondateur, le Musée pédagogique «est fait pour rendre à notre instruction primaire les mêmes services que rend à l’enseignement technique le Conservatoire des arts et métiers». Autrement dit, il s’agit d’offrir aux professionnels de l’enseignement une image concrète de la rénovation pédagogique en cours.
Au fil des décennies, la dimension historique et muséographique des collections alors conservées rue d’Ulm revêt une importance croissante. Aux documents initiaux : matériels scolaires, livres de classes, s’ajoutent d’importantes séries d’estampes, de photographies, de travaux d’élèves, de jeux et jouets éducatifs. Ces «Collections historiques», transférées à Rouen en 1980, forment le noyau de l’actuel Musée national de l’Éducation.
Le MNE est en effet l’aboutissement d’un projet conçu au sein de l’Institut national de Recherche et de Documentation Pédagogique au début des années 1970. Il s’agit alors de réunir à l’échelle nationale un large patrimoine scolaire, à des fins de conservation, d’exposition et d’étude. D’importantes collections de matériel pédagogique constituées dans ce but par le CRDP de Rouen doivent ainsi être réunies aux Collections historiques héritières du Musée pédagogique. Le rassemblement des deux fonds sur le site de Rouen – Mont-Saint-Aignan, s’effectue dans le cadre du Musée national de l’Éducation, créé le 1er janvier 1980 au sein de l’INRP