Installé depuis 1922 dans l’ancien presbytère de l’église Notre – Dame, ce musée témoigne de l’effervescence intellectuelle de Fontenay le Comte depuis la Révolution Française. Suite à des travaux d’aménagements, de 1922 à 1924, et le musée ouvre au public le 19 octobre sous le nom de Musée Vendéen.
Emile Boutin, le premier conservateur du musée, a eu pour ambition de donner au musée une dimension départementale et de développer une politique d’acquisition pluridisciplinaire : archéologie antique, ethnographie, beaux-arts…