Le prieuré subit de graves dommages lors de la guerre de Cent Ans. Plus tard, il est partiellement démoli à cause du percement d’une ruelle rejoignant l’église. Après la Révolution, il est utilisé comme chai puis comme école communale.
Il a été récemment restauré. La structure intérieure initiale, avec ses voûtes d’ogives, ses colonnes octogonales et ses chapiteaux, demeure intacte.
La rénovation du prieuré a été initiée par le maire de Chevreuse, Monsieur Claude Génot et son conseil municipal. Celle-ci entre dans le cadre de la mise en place d’un vaste projet culturel visant, entre autres, à mettre en valeur le patrimoine de la ville. A travers le programme culturel « Aux couleurs des saisons », une commission dédiée à la culture et dirigée par Monsieur Bruno Garlej, maire adjoint à la culture et aux finances, sélectionne une programmation de manifestations culturelles permettant aux chevrotins ainsi qu’à tous les visiteurs de la ville, de découvrir un patrimoine riche et surprenant.
L’architecte Pascal Chovin, qui avec Jean Dedieu avait conduit entre 1984 et 1990 l’importante restauration du Château médiéval de la Madeleine avait alors demandé à Jean-Pierre Raynaud d’en réaliser les vitraux. Et c’est tout naturellement qu’en charge de la restauration du prieuré de Chevreuse, il a proposé à Monsieur le Maire, de demander à Guy-Rachel Grataloup d’en concevoir les vitraux.