Très tôt, il semble que Gustave Moreau se soit posé la question du sort de son œuvre. Dans la petite maison de la rue de La Rochefoucauld, là où il a vécu avec ses parents et dont il est propriétaire, il entreprend à la fin de sa vie des travaux. Le musée est conçu comme le « grand œuvre » où tous les thèmes qu’il avait traités devaient être présents.